*Français ci-dessous* # Bottlenecks to Survival **Collaborating Researcher(s) and Agency:** - Strait of Georgia Data Centre – Brahm White-Gluz **Description of Project:** The Bottlenecks to Survival is an ongoing research project spanning several years and is a partnership between the Pacific Salmon Foundation and the British Columbia Conservation Foundation. A wealth of data is being collected by PIT tagging fish across 13 watersheds on Vancouver Island, involving multiple partnerships with First Nation communities. The primary purpose of this project is to develop the monitoring and evaluation framework and infrastructure to determine survival bottlenecks for wild and hatchery Chinook, Coho, and Steelhead, conduct research, monitoring, and evaluation that will maximize the performance of hatchery and wild stocks, and implement the infrastructure to allow for adaptive management of hatchery programs for harvest, conservation, and sustainability objectives. The data rescue internship will consist of some or all of the following: - Development of a reproducible process for archival of data in standard formats (Geonetwork, Darwin Core, ERDDAP, etc) - Data modelling, normalizing raw research data into 3NF data model &/or dimensional model. - Integration of multiple data sources into a single format - Thorough QA/QC of data - Creation of metadata - Documentation of the archival process The data consists of Excel spreadsheets, shapefiles, SQL databases, and within published reports. Strong SQL skills are needed. **Renumeration:** As with all Living Data Project internships, a fellowship of $6500 is provided for 6 weeks of full-time internship (or the equivalent part-time work spread over a longer time period; **240 hours total**). This fellowship is intended to contribute to the annual stipend of the graduate student and is inclusive of any benefits or costs. **Internship date:** `Start: anytime between November 1, 2024 – December 1, 2024, or January 2, 2025` `End: latest by February 28, 2025` **Internship location:** Remote **Other potential benefits to intern:** This data rescue internship partially fulfills the requirements of the CIEE Certificate in Data Management and Reproducible Research (see https://www.ciee-icee.ca/ldp-certificates.html). The intern will gain exposure to modern software engineering practices & technologies, including but not limited to Docker (containerized applications), Postgres, data warehousing, Github, Apache Superset, geospatial data, and a stack of open-source software. Solutions developed by the intern may be open-sourced for inclusion on their personal github page and portfolio. **Qualifications required:** Students must be currently registered in a graduate program in ecology, environmental science, evolution, or a related discipline in a Canadian university. Students should either be enrolled in a [CIEE](https://www.ciee-icee.ca/membership.html) member university, or they or their supervisor must be a current CSEE member. The candidate’s major area of research must be one of ecology, evolution, or environmental sciences, and the candidate must demonstrate that they have the conceptual training necessary to evaluate the ecological value of the data that they may encounter in this project. The candidate must be able to create computer scripts to manage digital data, including data validation, compilation, and quality control, and have the relevant scientific expertise to create useful metadata. The candidate should be enthusiastic about preserving legacy data and demonstrate a commitment to open science. **Qualifications desired:** The ideal candidate will have research interests in fisheries/limnology. The candidate will ideally have completed or plan to register in the Living Data Project's modules on Productivity and Reproducibility [course outline](https://osf.io/ghwua/wiki/Course%20descriptions/) and Scientific Data Management [course outline](https://osf.io/ghwua/wiki/Course%20descriptions/). We will also consider equivalent training or demonstration of skills. **Other desired skills or qualifications include experience with Python, geospatial data, and relational databases (e.g. PostgreSQL, etc.).** Please fill in the [application form](https://ubc.ca1.qualtrics.com/jfe/form/SV_6Pekcmv8VqrZ02y) by `18 June 2024`. # Les obstacles à la survie (Bottlenecks to Survival) **Chercheuse collaborant et organisation :** - Strait of Georgia Data Centre — Brahm White-Gluz **Description du projet :** The Bottlenecks to Survival (Les obstacles à la survie) est un projet de recherche en cours qui s’étend sur plusieurs années et est conduit en partenariat par la Pacific Salmon Foundation et la British Columbia Conservation Foundation. Grâce à de multiples partenariats avec les communautés des Premières Nations, une multitude de données sont collectées par étiquetage des poissons à l’aide de transpondeur passif intégré (étiquette PIT) dans les bassins versants de l’île de Vancouver. Ce projet vise à élaborer un cadre de suivi et d’évaluation des goulots d’étranglement en matière de survie des saumons chinook, coho et arc-en-ciel sauvages et d’écloserie ; ainsi qu’à mener des recherches, un suivi et une évaluation pour maximiser le rendement des stocks d’écloserie et sauvages ; et, enfin, à mettre en œuvre l’infrastructure permettant une gestion adaptative des programmes d’écloserie pour atteindre les objectifs de récolte, de conservation et de durabilité. Le stage de sauvetage de données pourrait inclure les éléments suivants : - Développement d’un processus reproductible d’archivage des données dans des formats standards (Geonetwork, Darwin Core, ERDDAP, etc.) ; - Modélisation des données, normalisation des données brutes de recherche en modèle de données 3NF ou en modèle dimensionnel ; - Intégration de plusieurs sources de données dans un format unique ; - AQ/CQ approfondi des données ; - Création de métadonnées ; - Documentation du processus d’archivage. Les données se retrouvent actuellement dans des feuilles de calcul Excel, des fichiers de formes, des bases de données SQL et des rapports publiés. De solides compétences SQL sont nécessaires. **Rémunération :** Comme pour tous les stages du Projet Living Data, une bourse de 6500 $ est fournie pour 6 semaines de stage à temps plein (ou l’équivalent réparti sur une période plus longue, soit **240 heures au total**). Cette bourse vise à contribuer aux revenus de l’étudiant ou de l’étudiante aux cycles supérieurs et inclut tous les avantages ou couts. **Date du stage :** `Début : n’importe quand, entre le 1er novembre et le 1er décembre 2024 ou à partir du 2 janvier 2025` `Fin : au plus tard le 28 février 2025` **Lieu du stage :** À distance **Autres avantages potentiels du stage :** Ce stage de sauvetage de données répond en partie aux exigences du certificat de l’ICEE en gestion des données et recherche reproductible (voir https://www.ciee-icee.ca/ldp-certificates-444444.html). La personne stagiaire sera exposée aux pratiques et technologies modernes d’ingénierie logicielle, y compris, mais sans s’y limiter, Docker (applications conteneurisées), Postgres, l’entreposage de données, Github, Apache Superset, les données géospatiales et de nombreux logiciels ouverts. Les solutions développées par le ou la stagiaire pourraient être en libre accès et ainsi être incluses sur sa page GitHub personnelle et dans son portfolio. **Compétences requises :** Les candidates et candidats doivent être actuellement aux études aux cycles supérieurs en écologie, sciences de l’environnement, évolution ou autre discipline connexe dans une université canadienne. Cette université doit être membre de [l’ICEE](https://www.ciee-icee.ca/membership.html), ou encore, l’élève, son ou sa superviseure doit être membre de la SCEE. Le principal domaine de recherche des personnes candidates doit être en écologie, en évolution ou en sciences de l’environnement. Les candidats et candidates doivent démontrer qu’iels possèdent la formation conceptuelle nécessaire pour évaluer la valeur écologique des données du projet. Iels doivent être capables de créer des scripts informatiques pour gérer des données numériques, les valider, les compiler et contrôler leur qualité, ainsi que pour créer les métadonnées appropriées. Enfin, les personnes candidates doivent être enthousiastes à l’idée de préserver des données historiques et démontrer leur engagement envers la science ouverte. **Compétences recherchées :** Le ou la candidate idéale a des intérêts de recherche en pêcheries ou limnologie. Le ou la candidate aura idéalement effectué les modules du Projet Living Data sur la productivité et la reproductibilité [plan de cours — en anglais](https://osf.io/ghwua/wiki/Course%20descriptions/) et la gestion des données scientifiques [plan de cours — en anglais](https://osf.io/ghwua/wiki/Course%20descriptions/) ou aura entamé les procédures d’inscription à ces modules. Une formation équivalente ou une démonstration de compétences seront aussi considérées. **Les autres compétences ou qualifications souhaitées incluent une expérience avec Python, avec les données géospatiales et avec les bases de données relationnelles (par exemple PostgreSQL).** Veuillez remplir le [formulaire de candidature](https://ubc.ca1.qualtrics.com/jfe/form/SV_6Pekcmv8VqrZ02y) d’ici le `18 Juin 2024.`