**Contact:**
Derks, Martijn (mflderks@gmail.com) \
Animal Breeding & Genomics, \
Wageningen University, \
Wageningen, The Netherlands
**File Descriptions**
*Genotypes*
- SPTBN4_SSC6_Genotypes_50K.vcf.gz
Contains 50K genotypes for the SSC6 haplotype (+/- 5.0Mb)
from 31,638 pigs.
*WGS*
- SPTBN4_SSC6_WGS.vcf.gz
VCF file with variants called from whole-genome-sequence data
within and surrounding the lethal haplotypes (+/- 5.0Mb) for 71 WGS samples from the breed under study
*WGS - BAM alignment files:*
- Directory: BAM
This directory contains the alignment of the 71 WGS samples from the breed under study.
**Sample IDs**
Corresponding sample IDs from genotypes and WGS data can be matched with following list:
50K_ID - WGS_ID
-------+-------
E01761 - Pig_311 \
E01909 - Pig_278 \
E01955 - Pig_282 \
E01990 - Pig_316 \
E02043 - Pig_317 \
E02072 - Pig_318 \
E02143 - Pig_319 \
E02411 - Pig_310 \
E02532 - Pig_WUR_425 \
E02727 - Pig_314 \
E02749 - Pig_274 \
E02849 - Pig_275 \
E02958 - Pig_315 \
E02959 - Pig_WUR_420 \
E02964 - Pig_284 \
E03238 - Pig_WUR_392 \
E03270 - Pig_WUR_422 \
E03373 - Pig_276 \
E03873 - Pig_277 \
E04247 - Pig_WUR_408 \
E04337 - Pig_WUR_418 \
E04537 - Pig_279 \
E04620 - Pig_283 \
E04654 - Pig_WUR_388 \
E04688 - Pig_273 \
E05157 - Pig_272 \
E05198 - Pig_313 \
E05507 - Pig_WUR_409 \
E05510 - Pig_WUR_412 \
E05547 - Pig_WUR_427 \
E05569 - Pig_WUR_413 \
E05589 - Pig_WUR_399 \
E05597 - Pig_WUR_396 \
E05818 - Pig_WUR_390 \
E05835 - Pig_WUR_381 \
E05839 - Pig_WUR_410 \
E05841 - Pig_WUR_416 \
E06022 - Pig_WUR_429 \
E06361 - Pig_WUR_421 \
E06367 - Pig_WUR_393 \
E06440 - Pig_WUR_424 \
E06631 - Pig_WUR_428 \
E06727 - Pig_WUR_401 \
E06883 - Pig_WUR_402 \
E06904 - Pig_WUR_391 \
E06916 - Pig_WUR_404 \
E07273 - Pig_WUR_397 \
E07536 - Pig_WUR_419 \
E07635 - Pig_WUR_395 \
E07706 - Pig_WUR_426 \
E07929 - Pig_WUR_398 \
E08041 - Pig_WUR_405 \
E08103 - Pig_WUR_386 \
E08244 - Pig_WUR_394 \
E08579 - Pig_WUR_417 \
E08593 - Pig_WUR_414 \
E08770 - Pig_WUR_400 \
E08923 - Pig_WUR_415 \
E09205 - Pig_WUR_430 \
E09453 - Pig_WUR_423 \
E09545 - Pig_WUR_383 \
E09655 - Pig_WUR_382 \
E09725 - Pig_WUR_385 \
E09760 - Pig_WUR_380 \
E09825 - Pig_WUR_403 \
E09887 - Pig_WUR_387 \
E09891 - Pig_WUR_389 \
E10298 - Pig_WUR_384 \
E13000 - Pig_WUR_406 \
E13917 - Pig_WUR_407 \
E14480 - Pig_WUR_411
