### **Georeferencing time series of Canadian vertebrates in the Living Planet Database** ### Français ci-dessous **Collaborating Researcher(s) and Agency:** - Valentina Marconi, Postgraduate Research Assistant, Indicators and Assessments Unit, Institute of Zoology - Louise McRae, Research Associate, Indicators and Assessments Unit, Institute of Zoology - Dr. Robin Freeman, Head of Indicators and Assessments Unit, Zoological Society of London **Description of Project:** Understanding how the abundances of animal populations change through time, and the environmental factors that drive these dynamics, is key to their preservation. The Living Planet Index (LPI) is among a handful of key metrics for documenting local, regional, national, and global vertebrate diversity declines in their era of rapid global change (1950 - Present). Developed and managed by researchers at the Zoological Society of London (ZSL) and World Wide Fund for Nature (WWF), the database underlying the LPI contains more than 28,000 time series representing 4,911 vertebrate species from around the world. Time series in the Living Planet Database are painstakingly aggregated from a variety of sources, including published scientific literature, unpublished sources ("grey literature"), government reports, online databases, and researchers who submit their data directly. Canada's native vertebrate species are among the best-represented in the world, with over 6,000 time series representing more than 900 Canadian vertebrate species (approximately half the total vertebrates found in Canada) currently included in the database. Despite the amazing wealth of collective knowledge and future opportunities this database represents, much of the Canadian time series currently lack georeferencing, which may be essential for some potential use scenarios. This also precludes a full understanding of the spatial extent and coverage of the current database, as well as areas that are underrepresented. This internship will begin to address this challenge by developing a protocol to extract geolocation information from the source materials and incorporate these data into the existing database. Internship activities will include data entry, reproducible (script-based) data manipulation, and generation of metadata. There is also the potential for the intern to work on soliciting new data to be incorporated into the database. Where appropriate (i.e., excluding sensitive or at-risk species), all data are already archived and searchable in the Living Planet Database (https://livingplanetindex.org/). Ultimately, the compiled materials we be written up as an open-acccess data paper to reach conservation practitioners and policy makers in Canada and beyond. **Remuneration:** As with all Living Data Project internships, a fellowship of $6500 is provided for 6 weeks of full-time internship (or the equivalent part-time work spread over a longer time period; **240 hours total**). This fellowship is intended to contribute to the annual stipend of the graduate student, and is inclusive of any benefits or costs. **Internship date:** `Start: anytime between 01 November 2022 and 01 December 2022` `End: latest by 28 February 2023` **Internship location:** Virtual **Other potential benefits to intern:** This data rescue internship partially fulfills the requirements of the CIEE Certificate in Data Management and Reproducible Research (see https://www.ciee-icee.ca/data.html). The intern will gain experience working alongside a major non-profit organization, as well as hands-on experience with a database that is regularly used to generate information that influences policy. The intern will have the opportunity to interact with others working within the ZSL's Indicators and Assessments Unit and the Institute of Zoology. **The intern will be invited as a co-author on the eventual publication that is anticipated to result from the georeferencing efforts.** Depending on the interests of the intern, there is also the potential to pursue other original research questions that make use of the Living Planet Database. **Qualifications required:** The candidate must be a registered graduate student at one of the following four universities: McGill University, University of British Columbia (Vancouver or Okanagan), Université de Montréal, and University of Regina. The candidates major area of research must be one of ecology, evolution, or environmental sciences, and the candidate must demonstrate that they have the conceptual training necessary to evaluate the ecological value of the data that they may encounter in this project. The candidate must be able to create computer scripts to manage digital data, including data validation, compilation, and quality control, and have the relevant scientific expertise to create useful metadata. The candidate should be enthusiastic about preserving legacy data and demonstrate a commitment to open science. **Qualifications desired:** The ideal candidate will have research interests in conservation, vertebrate biology, and population ecology. The candidate will ideally have completed or plan to register in the Living Data Project's modules on Productivity and Reproducibility ([course outline](https://osf.io/uwzx5/wiki/1.%20Course%20outline%20and%20schedule/)) and Scientific Data Management ([course outline](https://osf.io/sjf2g/wiki/Course%20outline/)). We will also consider equivalent training or demonstration of skills. Candidates should have great attention for detail and the ability to keep a well-documented paper trail of steps and decisions taken. **The ideal candidate will be well-versed in using geospatial software (e.g., ArcGIS or R spatial packages) for georeferencing. A basic to intermediate familiarity or experience with using relational databases (e.g., MySQL) may be an asset.** Please fill in the [application form](https://ubc.ca1.qualtrics.com/jfe/form/SV_aYnDyL1zxsJ65hk) by `21 June 2022`. ----- ### **Séries chronologiques de géoréférencement des vertébrés canadiens dans la base de données Planète vivante (Living Planet)** ### **Chercheurs collaborant et organisation:** - Valentina Marconi, assistante de recherche postuniversitaire, Unité des indicateurs et des évaluations, Institut of Zoology (London) - Louise McRae, associée de recherche, Unité des indicateurs et des évaluations, Institut of Zoology (London) - Dr. Robin Freeman, chef de l’unité des indicateurs et des évaluations, Zoological Society of London **Description du projet:** Comprendre l’évolution de l’abondance des populations animales dans le temps, ainsi que les facteurs environnementaux qui animent cette dynamique est essentiel à leur préservation. L’Indice planète vivante (IPV – en anglais, Living Planet Index) fait partie d’une poignée de mesures clés pour documenter le déclin de la diversité des vertébrés aux niveaux local, régional, national et mondial à l’ère des changements mondiaux rapides (de 1950 à aujourd’hui). Développé et géré par des scientifiques de la Zoological Society of London (ZSL) et du Fonds mondial pour la nature (WWF), la base de données utilisée pour calculer l’IPV contient plus de 28 000 séries chronologiques représentant 4 911 espèces de vertébrés du monde entier. Les séries chronologiques de la base de données Planète vivante sont minutieusement agrégées à partir de diverses sources, y compris la littérature scientifique publiée, des sources non publiées (« littérature grise »), des rapports gouvernementaux, des bases de données en ligne et des données soumises directement par des chercheurs et chercheuses. Les espèces de vertébrés indigènes du Canada sont parmi les mieux représentées dans cette base de données mondiale, avec plus de 6 000 séries chronologiques représentant plus de 900 espèces de vertébrés canadiens (environ la moitié du nombre total de vertébrés trouvés au Canada). Cette base de données s’appuie sur une incroyable richesse de connaissances collectives et ouvre la voie à une multitude d’utilisations futures. Cependant, les données de géoréférencement d’une grande partie des séries chronologiques canadiennes sont manquantes, cela limite l’emploi de la base de données, et ne permet pas d’en évaluer son étendue, les zones bien couvertes et celles qui sont sous-représentées. Ce stage s’attaquera à corriger cette lacune en développant un protocole pour extraire les informations de géolocalisation des matériaux sources et intégrer ces données dans la base existante. Les activités de stage comprendront la saisie de données, la manipulation de données reproductibles (basées sur des scripts) et la génération de métadonnées. Il est également possible que le ou la stagiaire travaille à solliciter de nouvelles données à les incorporer dans la base de données. À l’exclusion des espèces sensibles ou à risque, toutes les données sont déjà archivées et consultables dans la base de données Planète vivante (https://livingplanetindex.org/). Enfin, les documents compilés seront rédigés sous forme de document de données en libre accès pour atteindre les scientifiques de la conservation et les décideurs et décideuses du Canada et d’au-delà. **Rémunération :** Comme pour tous les stages du Projet Living Data, une bourse de 6500 $ est fournie pour 6 semaines de stage à temps plein (ou l’équivalent réparti sur une période plus longue, soit **240 heures au total**). Cette bourse vise à contribuer aux revenus de l’étudiant ou de l’étudiante aux cycles supérieurs et inclut tous les avantages ou couts. **Date du stage:** `Début : entre le 1er novembre 2022 et le 1er décembre 2022` `Fin : au plus tard le 28 février 2023` **Lieu du stage:** Virtuel **Autres avantages potentiels du stage:** Ce stage de sauvetage de données répond en partie aux exigences du certificat de l’ICEE en gestion des données et recherche reproductible (voir https://www.francais.ciee-icee.ca/donneacutees.html). Le ou la stagiaire acquerra une expérience de travail aux côtés d’une grande organisation à but non lucratif, ainsi qu’une expérience pratique avec une base de données régulièrement utilisée pour générer des informations qui influencent les politiques. Le ou la stagiaire aura l’occasion d’interagir avec d’autres personnes travaillant au sein de l’unité des indicateurs et des évaluations de la Zoological Society of London et de l’Institut of Zoology. **La personne stagiaire sera invitée à être coautrice de la publication qui devrait résulter des efforts de géoréférencement.** La personne stagiaire pourra également utiliser la base de données Planète vivante pour travailler sur des questions de recherche personnelles. **Qualifications requises:** La personne candidate doit étudier aux cycles supérieurs dans l'une des quatre universités suivantes : l'Université McGill, l’University of British Columbia (Vancouver ou Okanagan), l'Université de Montréal ou l'University of Regina. Son principal domaine de recherche doit être en écologie, en évolution ou en sciences de l'environnement, et elle doit démontrer qu'elle possède la formation conceptuelle nécessaire pour évaluer la valeur écologique des données du projet. La personne candidate doit être capable de créer des scripts informatiques pour gérer des données numériques, les valider, les compiler et contrôler leur qualité. La personne candidate doit aussi posséder l'expertise scientifique pertinente à la création de métadonnées utiles. Le ou la candidate doit être enthousiaste à l'idée de préserver des données historiques et démontrer son engagement envers la science ouverte. **Qualifications recherchées:** Le ou la candidate idéale a des intérêts de recherche en conservation, biologie des vertébrés, et écologie des populations. Le ou la candidate aura idéalement effectué les modules du Projet Living Data sur la productivité et la reproductibilité ([plan de cours](https://osf.io/uwzx5/wiki/1.%20Course%20outline%20and%20schedule/) – en anglais) et la gestion des données scientifiques ([plan de cours](https://osf.io/sjf2g/wiki/Course%20outline/) – en anglais) ou aura démarré les procédures d’inscription à ces modules. Une formation équivalente ou une démonstration de compétences seront aussi considérées. Les personnes candidates doivent porter une grande attention aux détails et avoir la capacité de conserver une trace écrite bien documentée des étapes et des décisions prises. **La personne candidate idéale connaîtra les logiciels géospatiaux de géoréférencement (par exemple, les progiciels spatiaux ArcGIS ou R). Une connaissance ou une expérience de base à intermédiaire de l’utilisation de bases de données relationnelles (par exemple, MySQL) peut être un atout.** **Dépôt de candidature:** Veuillez remplir le [formulaire de candidature](https://ubc.ca1.qualtrics.com/jfe/form/SV_aYnDyL1zxsJ65hk) d'ici le `21 juin 2022.`