Este proyecto consiste en un set de laboratorios prácticos de Bioquímica diseñados para cursos de nivel universitario. Estos han sido elaborados para poder ser realizados de manera remota en la casa de cada estudiante. La intencion de este repositorio es poner a disposici´ón los materiales y protocolos para que puedan ser replicados en otros lugares.  El sitio contiene todos los materiales necesarios para replicar los prácticos de laboratorio junto a las instrucciones para su ejecución. Los prácticos son: 1) [Cinetica enzimatica][1] 2) [Amplificación de RNA via RT-PCR][2] 3) [Deteccción de alimentos GMO via LAMP][3]. 4) [Estudio de fluorescencia][4]. Tambien se entrega información respecto a la *"CajaLab"*, en la cual se envian y realizan las actividades, así como los protocolos de sanitización relacionados a su uso y traspaso en pandemia. Todos los archivos de diseños para el hardware, codigo python/jupyter notebooks, ADNs y protocolos de producción de enzimas y controles positivos son de libre acceso. #### **Protocolos de producción de enzimas para LAMP y RT-PCR** * **BstLF**: [Protocolo de producción y purificación][5], [genbank seq][6] y [el hilo de discusion][7] en foro ReClone * **MMLV RT**: [Protocolo de producción y purificación][8], [genbank seq][9] y [el hilo de discusion][10] en foro ReClone * **Pfu-sso7D**: [Protocolo de producción y purificación][11], [genbank seq][12] y [el hilo de discusion][13] en foro ReClone Todos los ADNs utilizados para la producción de estas enzimas son de libre acceso bajo [openMTA][14] [Protocolo de liofilizacion][15] de reacciones LAMP usado en GMOdetective por nuestro colaborador Guy Aidelberg (ese protocolo describe *CORONAdetective* pero es el mismo principio, solo cambian los partidores utilizados) Guias para prácticos: - [Guia PCR][20] - [Guia Golden Gate / uLoop][21] - [Guia Fluorescencia][22] - [Guia purificacion de proteinas][23] - [Guia LAMP][24] - [Guia RT-PCR][25] - [Guia Cell Free][26] #### **Códigos y archivos de diseño:** * Codigo Openscad y STLs desarrollado en el curso para imprimir dispositivo de detecciòn de fluorescencia ([repo Github][16]) * Jupyter notebooks/Google colab para analizar fotos de GMOdetective ([repo github][17]) * Codigo para fabricacion de PCB (Autoria de G. Aidelberg, [repo github][18]) * Jupyter notebooks con codigo python para correr practicos de cinetica enzimatica en Google collab ([repo github][19]) #### **Dispositivos de hardware abierto utilizados:** * **[PocketPCR](http://gaudi.ch/PocketPCR/)** Archivos de diseño en el [repo de GaudiLabs](https://github.com/GaudiLabs/PocketPCR)  @[youtube](https://youtu.be/RA9U6cKTd7c) .jpeg&parentUrl=https://osf.io/vc57m/&format=2400x2400.jpeg =500x500) ---------- * **[Blue Gel](https://www.minipcr.com/products/bluegel/)**, no es de hardware libre (el fabricante no otorga los archivos de diseño), pero es una solución portatil asequible. Estamos trabajando en version de libre acceso.  ---------- * **GMOdetective** **Version original de acrílico:** Requiere acceso a cortadora laser     **Version 3D:** Alternativa de impresion 3D si no tienes acceso a cortadora laser pero si a una impresora 3D   ---------- * **RGBfluor**   ---------- * **CajaLab** La caja fue elaborada por Sebastian Aguilera en colaboracion con el laboratorio de biofabricacion UC ([Biofab](https://www.instagram.com/p/CBjiRcFpeYE/)), priorizando materiales de bajo costo y de buena sanitización (En el futuro, nos gustaría trabajar con cajas mas amigable socn el medio ambiente) @[youtube](https://youtu.be/b5z3K8YAUCA)   .jpeg&parentUrl=https://osf.io/2vuzr/&format=2400x2400.jpeg =500x500) .jpeg&parentUrl=https://osf.io/k9w5a/&format=2400x2400.jpeg =500x500) ---------- #### **Equipo de trabajo y colaboradorxs** **Equipo de trabajo:** - Isaac Nuñez - Valentina Zapata - Marta Blanco - M. Jose Avendaño - Sebastian Velozo - Tamara Matute - Alejandro Aravena - Fernan Federici **Colaboradorxs del proyecto:** - Pablo Cremades y Nano Castro (reGOSH CYTED Mendoza) - Cesar Ramirez - Guy Aidelberg & Francico Quero - Sebastian Rodriguez - Francisco Chateau - Sebastian Aguilera - Alex Brown - [OpenBioeconomy Lab](https://openbioeconomy.org/) - [GaudiLabs (Urs)](http://www.gaudi.ch/GaudiLabs/?page_id=2) - Paulina Merino - Valerie Decap - Ariel Cerda - Javier Contreras - IOWlabs Este proyecto ha sido en parte financiado por el Instituto Milenio iBio, Fondecyt Regular 1211218 y el proyecto ANID-CONCYTEC covbio (https://osf.io/fuh8p/files/osfstorage) [1]: https://github.com/LabTecLibres/BIO266E [2]: https://docs.google.com/document/d/1ud_rwzRdW-2FdlI-DkweWthP5YsPYCsqeQ1bfYkh_tA/edit?usp=sharing [3]: https://docs.google.com/document/d/1Buc8pboKjieIYZNKGOLzX8Z1wQ1ZXS5yNEFBamNcbsA/edit?usp=sharing [4]: https://gitlab.com/FernanFederici/rgb_fluor [5]: https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bksrkwd6 [6]: https://benchling.com/s/seq-MuNUtRESOLQyYjeRVm8Z [7]: https://forum.reclone.org/t/bst-large-fragment/91/10 [8]: https://www.protocols.io/view/recombinant-expression-and-purification-of-codon-o-bhcvj2w6 [9]: https://benchling.com/s/seq-LZOeOlZ90svPCI5vrlQF [10]: https://forum.reclone.org/t/mmlv-reverse-transcriptase/88 [11]: https://www.protocols.io/view/recombinant-protein-expression-and-purification-of-bhcrj2v6 [12]: https://benchling.com/s/seq-2TcUPjO2uMbDG5ufTQN4 [13]: https://forum.reclone.org/t/mmlv-reverse-transcriptase/88 [14]: https://biobricks.org/openmta/ [15]: https://www.protocols.io/view/freeze-drying-lyophilization-and-manufacturing-of-bpv4mn8w [16]: https://github.com/MakerLabCRI/GMODetective-Detector [17]: https://github.com/LabTecLibres/BIO266E [18]: https://github.com/MakerLabCRI/GMODetective-Detector [19]: https://github.com/LabTecLibres/BIO266E [20]: https://docs.google.com/document/d/1z-t8HHLK_xcXZQULOOKtVZsqLL7TEaQkiJINQMadx-Q/edit?usp=sharing [21]: https://docs.google.com/document/d/1kDcSFJdzcLAAV2SXTvppYiYhxYLkyfnQxMY3VywCyvU/edit?usp=sharing [22]: https://docs.google.com/document/d/1egAen45aMO7VmGhLNwiCxtDE3milCdoZlRMnOT3AIJA/edit?usp=sharing [23]: https://docs.google.com/document/d/1FPWBSVAfx6-EEAOOMRZ7CRSESnbghYx2taE_4izzOGE/edit?usp=sharing [24]: https://docs.google.com/document/d/19ygo6t83bwTgaATcKSniViIo6M1LxZ0g/edit?usp=sharing&ouid=108512776541224231501&rtpof=true&sd=true [25]: https://docs.google.com/document/d/1BA7-yPe7GoyfQLTuCvhXh-Ccv5ulu6C9M1AX0z5SnB0/edit?usp=sharing [26]: https://docs.google.com/document/d/18U8F-tgyVMFRV1nSi7xd5EqL4L9xRisW/edit?usp=sharing&ouid=108512776541224231501&rtpof=true&sd=true